很久以前,宇宙中只有亚当存在.他创造了莉莉丝,又与其一起创造了各个适合生物居住的世界.夏娃为了创造人类而诞生,她和亚当创造出散布于各个世界中的人类.人类的出现引起了重重纠纷,为防止世界被毁灭,亚当创造了大图书馆,每一本书都是一个独立的世界.故事主线是叶月在她的那个世界里面爱上了和自己一起生活的初美，但初美在16岁生日的时候突然消失了，受神秘生物KEN-CHAN（黄色肥鹦鹉）的引导，叶月在大图书馆见到了莉莉丝，并得知初美就是夏娃，而莉莉丝也因为叶月容貌酷似亚当而爱上了她。在这里，叶月知道了初美原来就是eve，也知道了初美现在在某个世界里面，于是执着的她便和莉莉丝一起在各个时空寻找eve。在每个世界里面都有一个相对独立的小故事，有列车上惊险刺激的间谍情报战；有原始人部落；孤岛里长不大的少女；竹姬的传说；人类未来的太空移民等等，最后，寻找eve的各路人马在宇宙庭院相遇了，在这里，他们终于碰到了日夜追寻的eve。